Từ thượng nguồn sông MêKông xuôi theo dòng Hậu Giang đổ ra biển Đông, giữa bốn bề mênh mông sông nước những dãy cù lao xanh ngát với ngút ngàn vườn cây ăn trái cứ nối tiếp nhau trãi dài xa tít tạo nên cảnh quan thiên nhiên tươi đẹp của vùng đồng bằng thắm ngọt hương vị phù sa. Qua khỏi bến Ninh Kiều – Thành Phố Cần Thơ chưa đầy 5 km, Cù Lao Mây xuất hiện như một nét chấm phá trong bức tranh thủy mạc thật nên thơ, xinh đẹp hữu tình và tiếp tục đi về phía hạ lưu thêm 12 km là đến Thị trấn Trà Ôn, đây chính là trung tâm kinh tế - hành chính của huyện Trà Ôn, tỉnh Vĩnh Long.
Theo lược sử vùng đất Nam Bộ Việt Nam, đến năm 1757 miền Tây Nam Bộ chính thức thuộc chủ quyền Việt Nam. Trên vùng đất Nam Bộ, chúa Nguyễn đã thi hành chính sách khuyến khích đặc biệt đối với việc khai phá đất hoang, cho phép người dân biến ruộng đất khai hoang được thành sở hữu tư nhân. Từ đầu thế kỷ XVII, những người Việt ở miền Trung, miền Bắc đã vào Đồng Nai, Gia Định khai phá đất hoang, sinh cơ lập nghiệp, cùng với người Khmer và những cư dân đã có mặt ở vùng đất Nam Bộ trước đó, họ đã nhanh chóng thích nghi, hoà nhập trở thành bộ phận cư dân chủ đạo trong công cuộc chinh phục vùng đất này.
Trà Ôn được khai phá khoảng hơn 300 năm về trước, những cư dân khai hoang đoàn kết đấu tranh, thích nghi với thiên nhiên để sinh tồn. Lúc đầu họ chọn chỗ ở những nơi thuận lợi dọc theo sông Hậu như Cù Lao Mây, Thiện Mỹ, Vĩnh Xuân, Hòa Bình, Xuân Hiệp… rồi dần dần theo hệ thống sông rạch tiến sâu vào các khu vực lân cân khác thuộc huyện Trà Ôn hiện nay. Họ xây nhà, lập vườn theo tuyến sông rạch tạo thành “đời sống kinh rạch” có hình thể “trước vườn sau ruộng”.
Từ năm 1784 Trà Ôn là một làng thuộc Tổng Bình Lễ, dinh Long Hồ. Ngày 30/4/1872 Thống đốc Nam kỳ ra Nghị định sáp nhập Phong Phú với vùng Bắc Tràng (trước đây là phủ Lạc Hoá, tỉnh Vĩnh Long) lập thành hạt Cần Thơ đặt tại Trà Ôn và cho xây dựng “Toà bố” (cơ quan hành chính) tại chợ Trà Ôn để cai quản hạt Cần Thơ lúc bấy giờ (Hiện nay là trụ sở Ủy Ban Mặt Trận Tổ Quốc Việt Nam huyện Trà Ôn).
Ngày 23/2/1876 tái lập hạt Cần Thơ với chợ Cần Thơ là tỉnh lỵ, Trà Ôn chỉ còn vai trò quận lỵ nhưng là quận lỵ quan trọng nhứt nhì của tỉnh. Quận Trà Ôn gồm 02 tổng: Tổng Bình Lễ và Định An có các xã: Hậu Thạnh, Phú Mỹ, Long Hưng, Thiện Mỹ, Hoà Bình, Hoà Thuận và Tường Thạnh.
Năm 1950 tỉnh Vĩnh Trà tổ chức ra Quận Ba gồm 06 xã cũ của Trà Ôn là Lục Sĩ Thành, Thiện Mỹ, Tân Mỹ, Ngãi Tứ, Bình Ninh, Loan Mỹ, nhận thêm 03 xã của Tam Bình là Hoà Bình, Xuân Hiệp, Thới Hoà và 05 xã của Cầu Kè là Trà Côn, Hựu Thành, Thuận Thới, Vĩnh Xuân, Tích Thiện. Năm 1955 Quận Ba giải thể, Quận Trà Ôn được lập lại thuộc tỉnh Trà Vinh.
Ngày 09/02/1956 chính quyền Ngô Đình Diệm ban hành sắc lệnh 16/NV thành lập tỉnh Tam Cần gồm các quận Trà Ôn, Tam Bình, Cầu Kè, Tiểu Cần và lấy chợ Trà Ôn làm Tỉnh Lỵ. Ngày 22/10/1956, tỉnh Tam Cần hợp nhất với tỉnh Trà Vinh thành tỉnh Vĩnh Bình, lúc này quận Trà Ôn thuộc tỉnh Vĩnh Bình.
Ngày 14/01/1967 theo sắc lệnh số 06/SL/ĐVHC chính quyền Đệ Nhị Cộng hoà đã tách hai quận Vũng Liêm và Trà Ôn ra khỏi tỉnh Vĩnh Bình nhập vào tỉnh Vĩnh Long.
Từ tháng 02/1976 huyện Trà Ôn thuộc tỉnh Cửu Long
Nghị Quyết của Quốc Hội khoá VIII, kỳ họp thứ 10 ngày 26/12/1991 chia tỉnh Cửu Long thành 2 tỉnh Vĩnh Long và Trà Vinh và huyện Trà Ôn thuộc tỉnh Vĩnh Long từ năm 1992 cho đến nay.
Mặc dù nhập tách tỉnh - huyện - xã nhiều lần, nhưng từ năm 1955 huyện Trà Ôn gồm 11 xã và thị trấn, đến ngày 09/8/1994 Chính phủ ban hành Nghị định số 85/NĐ-CP chấp thuận chia tách xã Hoà Bình thành 02 xã Hoà Bình, Nhơn Bình và tách xã Lục Sĩ Thành thành 02 xã Lục Sĩ Thành, Phú Thành.
Hiện nay huyện Trà Ôn có 13 xã và 01 thị trấn, đó là: Lục Sĩ Thành, Phú Thành, Thiện Mỹ, Tân Mỹ, Trà Côn, Xuân Hiệp, Hòa Bình, Nhơn Bình, Thới Hoà, Hựu Thành, Thuận Thới, Vĩnh Xuân, Tích Thiện và Thị trấn Trà Ôn.